Jaderná elektrárna Temelín se nachází v Jihočeském kraji poblíž města Týn nad Vltavou, nad údolím řeky Vltavy, která je od elektrárny vzdálená 5 km.

Areál o rozloze 143 ha (z toho 123 hektarů činí oplocená plocha pozemku) leží v nadmořské výšce 500 m.n.m. Jihočeský kraj je oblastí, v níž se silně uplatňuje vliv ochrany přírody. Nachází se zde několik maloplošných chráněných území a významných lokalit zaměřených na ochranu vodních toků.

Lokalita JE Temelín je převážně obklopena loukami a pastvinami, které postupně přecházejí v zemědělské oblasti s přirozenou vegetací či směsice polí, luk a trvalých plodin. Většinu okolní plochy zabírá zemědělská půda, na druhém místě stojí lesní plochy a nejmenší část zaujímají zastavěné plochy, ať souvislá či nesouvislá zástavba.

Z hlediska fauny se v okolí elektrárny vyskytují ohrožené i chráněné živočišné druhy.

V budce na druhé nejvyšší stavbě v areálu elektrárny, na ochozu ventilačního komína z budovy pomocných provozů, se v roce 2022 narodila první mláďata sokola stěhovavého. Na záchraně tohoto vysoce ohroženého druhu spolupracuje Skupina ČEZ s ornitology už od roku 2011.

Vědci z Jihočeské univerzity našli v okolí JE Temelín téměř 40 druhů ptáků. Více než polovina z nich zde prokazatelně hnízdí. Lze zde uvidět například cvrčilku zelenou, konipase horského nebo rorýse obecného.

Ve vlastním areálu Jaderné elektrárny Temelín myslivci pravidelně ve dvouletých cyklech organizují odchyt zajíců, které následně vypouští do volné přírody. Zajícům se v areálu jaderné elektrárny daří, protože zde postrádají přirozené predátory. Celkem myslivci vypustili z areálu elektrárny do volné přírody zatím více než sto těchto zvířat. 

V zámeckém parku, který je součástí temelínského infocentra, se od roku 2018 chovají včely. Během první včelařské sezony se podařilo z pěti úlů stočit 150 kilogramů medu. Med prošel i radiační kontrolou, kterou ČEZ prováděl ve své Laboratoři radiační kontroly okolí v Českých Budějovicích. Test byl zaměřen na zjišťování přítomnosti radionuklidů, stejnou analýzu provedl i na medu, který je běžně dostupný v obchodech. Chov včel v areálu zdůrazňuje čistotu provozu jaderné elektrárny a že území v okolí elektrárny není jejím provozem nepříznivě ovlivněno.

V zámeckém parku elektrárny kromě desítky tisíc včel lze nalézt i vzácné kapry, veverky nebo různé druhy motýlů.