Temelín a voda
Provoz elektrárny je především spojen s řekou Vltavou, ze které elektrárna odebírá technologickou vodu a současně do ní vypouští odpadní vody. Již dříve na ní byla vybudována řada vodních nádrží tvořících tzv. Vltavskou kaskádu, která ochraňuje okolí Vltavy před zátopami a má hydroenergetické využití. Významným přínosem nádrží kaskády je také vyrovnání minimálních průtoků. Pro potřeby JE Temelín byla kaskáda doplněna o vodní nádrž Hněvkovice, ze které se provádí odběry technologické vody a o vodní dílo Kořensko, prostřednictvím kterého elektrárna vrací vodu do Vltavy.
Vodní dílo Hněvkovice
Vodní dílo Hněvkovice bylo vybudováno v letech 1986 - 1991. Nachází se ve vzdálenosti 5 km od Týna nad Vltavou proti proudu řeky. Tvoří hlavní část zásobovací soustavy elektrárny technologickou vodou. Vytváří nárazový prostor pro zvýšení průtoku v případě potřeby z nádrže Lipno, která se nachází ve vzdálenosti 120 km proti proudu řeky Vltavy. Vlastní odběr vody je zajišťován čerpací stanicí, která se nachází v bezprostřední blízkosti hráze na levém břehu. Voda je vedena 2 potrubními trasami o průměru 1600 mm, které jsou uloženy v zemi a jsou dlouhé 6,2 km, do vodojemu, jenž se nachází v areálu elektrárny. Chemické složení odebírané vody z Vltavy je dlouhodobě sledováno a bylo podstatně vylepšeno zprovozněním velkých čistíren odpadních vod v Českém Krumlově a v Českých Budějovicích a nové odparky v Jihočeských papírnách ve Větřní u Českého Krumlova.
Vodní dílo Kořensko
Vodní dílo Kořensko se nachází 2 km pod ústím řeky Lužnice do Vltavy. Jeho hlavní funkcí je udržovat stálou hladinu a tak omezit kumulaci znečištění v řece v prostoru Týna nad Vltavou. Součástí jsou i malé vodní elektrárny Kořensko I a II. Právě turbínu malé vodní elektrárny Kořensko II pohání voda, kterou Jaderná elektrárna Temelín vrací do Vltavy. Ročně takto jedna z malých vodních elektráren Skupiny ČEZ vyrobí v průměru kolem dvou tisící MWh, což odpovídá roční spotřebě menšího města.
Retenční nádrže
V souvislosti s výstavbou a provozem elektrárny byly v jejím okolí vybudovány tři retenční nádrže. Nejvýznamnější z nich je retenční nádrž Býšov, umístěná jihovýchodně od areálu elektrárny na toku Strouha, pod pojistnými nádržemi. V retenční nádrži Býšov se akumulují případné zvýšené odtoky srážkových vod, které jsou odváděny dešťovou kanalizací z areálu elektrárny.
Rybníky
V okolí elektrárny Temelín se nachází desítky menších rybníků. Významnější jsou na Radomilickém (Bílém) potoce. Rybníky jsou vesměs využívány k intenzivnímu chovu ryb. V třináctikilometrovém pásu od elektrárny jsou největší rybniční plochy Blatec (96,8 ha, 416 tis. m3 ), Bělehůrecký (53,6 ha, 983 tis. m3 ) a Strpský (40 ha, 480 tis. m3 ).
Studie neprokázaly nepříznivý vliv
Vliv provozu elektrárny, ale nových bloků byl opakovaně odborně posuzován. Podrobně byla tato problematika vyhodnocena například v rámci studie Kašpárek a kol. v září 2009. Další posouzení proběhlo v rámci řízení EIA na Nový jaderný zdroj v lokalitě Jaderné elektrárny Temelín včetně vyvedení výkonu do rozvodny Kočín provedené v roce 2010 zpracované RNDr. Janem Horákem.
Výsledky studie zároveň neprokázaly významný nepříznivý vliv uvažovaných odběrů vody pro elektrárnu na další požadavky užívání vody na Vltavě.
Studie byla součástí podkladu, na základě kterého Ministerstvo životního prostředí vydalo v lednu 2013 projektu kladné stanovisko EIA s dodržením řady podmínek.
Úspory vody
Voda je klíčovou surovinou pro energetické provozy. Proto ČEZ se už několik let zaměřuje na hledání nových šetrných cest pro její hospodárné využití. Například v roce 2021 dokázaly obě české jaderné elektrárny snížit spotřebu vody o tři procenta. A to i přes meziročně vyšší výrobu elektřiny o tři procenta. V Temelíně dosáhli úspory vody ve výši 900 tisíc m3 především díky častějšímu přečišťování, které umožnilo její opětovné využití.